La costruzione della chiesa è in stile gotico francescano e si fa risalire al 1379, ma sicuramente non si trattava della chiesa attuale situata nella piazza omonima, bensì di una semplice chiesa ad un’arcata, realizzata sembra su disegno di Bartolino da Novara.
Un primo rifacimento della chiesa è del 1447, la costruzione di nuove cappelle è datata del 1457, mentre il campanile venne edificato nel 1475.
Nel 1801, in epoca napoleonica, la chiesa venne sconsacrata e fu adibita ad alloggio militare.
Nel 1825, ripristinata la funzione religiosa, iniziarono importanti lavori di restauro che portarono, in un cinquantennio, a farle assumere l’aspetto attuale.
In una nicchia, ricavata sotto l’altare di S. Margherita da Cortona, sono custoditi, in un’urna di cristallo, i resti del Beato Anselmo Degli Anselmi, nativo di Vigevano.
Uscendo sulla laterale Via S.Francesco, si trova sulla sinistra uno scurolo (cappellina) barocco nel quale sono visibili teschi di frati, ricordo del cimitero ivi esistente, chiamato dal popolo “Gisiò di mort”.
Davanti alla Chiesa di San Francesco, c’é una piccola piazzetta, formata dalla confluenza di tre vie, con al centro questa piccola fontana dedicata al grande Santo, opera di G.B. Ricci.
Bozzetto conservato nel museo 
Bozzetto conservato nel museo
